Nell'agosto 1861 Cialdini venne inviato a Napoli, con poteri eccezionali per affrontare l'emergenza del brigantaggio.
In una seconda fase, comandò una dura repressione messa in atto attraverso un sistematico ricorso ad arresti in massa, esecuzioni sommarie, distruzione di casolari e masserie, vaste azioni contro centri abitati come l'eccidio di Casalduni e Pontelandolfo, nell'agosto 1861.
Con estrema crudeltà non solo contro i Briganti stessi, ma anche contro la popolazione accusata di appoggiarli, talvolta senza alcun fondamento, il generale ottenne lo scopo di annientare completamente la resistenza del sud, la quale non era ancora terminata, pur essendone venuti largamente meno i connotati di azione collettiva, avendo perso al contempo anche l'appoggio popolare.